Panama, umumi olarak sıcak bir iklime sahiptir. Bazı zamanlar günlük veya mevsimlik ısı değişiklikleri de olur. Ülkede iki mevsim vardır: Ocaktan nisan ayına kadar kara, sıcak tropikal iklim ve mayıs-aralık arası yağışlı dönem. Ortalama sıcaklık 27°C civarı olup, oldukça nemli bir hava mevcuttur. En yağışlı ve soğuk ay kasımdır. En sıcak ay ise mayıs ayıdır.
Atlantik Kıyıları yaklaşık 10 ay yağış alır. Yıllık yağış ortalaması 2500 ila 3000 mm’dir. Pasifik Kıyılarında ise yağışlı dönem 8 ay kadar olup, yıllık yağış ortalama 1700 ila 2100 mm’dir.
Yılın değişik zamanlarında aralıklı olarak Karayip Denizinden gelen rüzgarlar ve yıl sonuna doğru nemli Pasifik rüzgarları ülkeyi dayanılamayacak derecede sıcak bir iklimden korur. Los Santos Herrera bölgeleri 1300 mm civarında aldıkları yağış ortalamasıyla, ülkenin en kurak ve az yağış alan bölgeleridir. Pasifik kıyılarındaki bazı bölgelerinde de kuraklıklar görülür. Ayrıca ülkede bazı zamanlar kasırgalar meydana gelir.